日本抛出了“德日有别论”，认为南京大屠杀在性质上属于“战场上难以避免的事情”，不同于纳粹德国针对犹太人的反人类罪行。这种观点是完全荒谬的。其一，纳粹德国和日本军国主义同属法西斯，中国抗日战争是世界反法西斯战争的重要组成部分，这是《开罗宣言》《波茨坦公告》等国际文件和东京审判等国际审判明确认定的，是国际社会共识和历史公论。其二，从德、日法西斯杀害各国人民的数量来看，日军仅在中国就造成3500万军民伤亡，日本法西斯杀害的各国军民人数与纳粹德国不相上下。其三，从德、日法西斯暴行的残暴程度来看，纳粹德国集中营的屠杀大都是单纯的屠杀，日军的屠杀则是同强奸、抢劫、放火及其他暴行相互结合的，在屠杀之前大都先加以侮辱、虐待、抢劫、殴打、玩弄或奸淫，其屠杀的方法五花八门、无奇不有，狂虐残暴的程度世所罕见，甚至超过纳粹德国的暴行。

　　第一，大量资料证明，日本高层在南京大屠杀发生的同时就知道了情况。南京国际安全区委员会自1937年12月16日起，几乎每天向日本使馆递交附有日军罪行记录的抗议书，有时一天送去两次，向本国发回电报，日本政府和军部对日本的暴行完全知情。第二，日本侵占南京的主力部队是淞沪会战后期从金山卫登陆的，没有经历上海地区最激烈的战斗，在战斗最激烈的上海没有发生类似的大屠杀，反而在战斗不激烈的南京发生了大屠杀，只能说明“南京大屠杀”是日军高层顾忌上海的国际化程度高，蓄谋选择南京制造的，所谓“日军基层士兵经历‘残酷’战斗后‘本能’的复仇心理”等说法不能成立。第三，通过梳理侵华日军的日记和回忆录等资料，证实日军在师团一级确实下达过屠杀令。

　　日军攻占南京后的军风纪执法记录如今虽已不存，但同样是攻占南京的日军部队在南京之外的军风纪状况却有许多资料。从这些文献可以看出，由于约束日军军风纪的军法部门规模和机能的限制，特别是宪兵人数稀少，大量的暴行没有也不可能纳入宪兵的视野，所以军法部门受理的案件只是日军犯罪的冰山一角。日军设立军法部门的正面理由是维护军风纪，它对日军官兵有所制约，两者之间也确有冲突。这种冲突既表现在日军官兵的对抗，更表现在各级长官对部下加以维护。日军军法部门作为日军的一部分，决定了它在根本上不可能“损害”日军，大量案犯或无罪开释，或重罪轻罚。与对日军暴行的宽纵相反，日军军法部门对中国人“违法”的处置极其严厉，被疑为试图反抗的当事人悉数被处死。在日常监管中，宪兵对中国人稍有不从即严加重罚。所以，对中国人而言，日军军法部门只是严厉镇压的机器。

　　对南京大屠杀、细菌实验、细菌战等证据资料的真实性，东京审判期间法庭收集了包括证人证言、法庭辩论、影像资料等大量证据，日本战犯和军官、士兵的日记和回忆也是有力的证据。20世纪90年代以来，一批新的史料被挖掘出来，如德国外交官罗森的报告、贝茨文献、拉贝日记、魏特琳日记、东史郎日记等。在美国华盛顿国家档案馆解密的一些电报以及中国辽宁省档案馆的日本满铁档案中，也都发现了有关南京大屠杀的档案资料。

　　所谓日本是战争的最大“受害者”“被侵略者”，“广岛”等于“南京”的谬论，是故意混淆侵略战争和反侵略战争的性质。正如恐怖分子在杀人，警察开枪打伤打死了几个恐怖分子和为恐怖分子提供协助的同伙，不能说这些恐怖分子和受害群众一样都是“受害者”。即使这些恐怖分子是受少数头目的控制和灌输走上犯罪道路的，是被其头目所害的，也仅仅在这个意义上是一种“受害者”，但决不能因此而否认他们首先是“加害者”，不能人为减免他们的刑事责任。当时的日本军人、支持侵略战争的国民相对于日本军国主义是“受害者”，但相对于中国等亚洲国家人民来说依然是“加害者”；日本军人、国民是受日本军国主义所害，决不是受中、美、苏反法西斯盟军所害，“广岛的悲剧”也要记到日本军国主义的账上，决不能混淆“广岛的悲剧”和南京大屠杀的性质。

《中国抗日战争史简明读本》编写组：国际联盟于1925年6月17日，即通过了《禁止在战争中使用窒息性、毒性或其他气体和细菌作战方法的议定书》（亦称《日内瓦议定书》）。作为37个签署国之一的日本，却成为第二次世界大战中唯一大规模使用生化武器的国家。日本军国主义在14年侵华战争中，先后建立了6支较大规模的生化部队。以臭名昭著的731部队为例，设有4个专门进行细菌研究与实验的机构、4个支队，主要研究传染鼠疫、炭疽、伤寒、副伤寒、赤痢、霍乱等疫病的细菌，并承担细菌作战任务。731部队进行了大量实验，最令人发指的是使用活人进行“活体实验”，这些被用于实验的活人被称为“马鲁大”（日语意为“剥了皮的圆木”）。731部队进行的“活体实验”种类繁多，手段残忍至极，据原731部队细菌生产部部长川岛清于1949年12月在伯力军事法庭上供认，“1940年到1945年间，在这个杀人工厂被消灭的至少有3000人。”

《中国抗日战争史简明读本》编写组：侵华日军无视国际法，把空中轰炸作为大规模屠杀中国无辜民众的重要手段，在各地实施无差别轰炸，给中国人民的生命财产造成了巨大损失。特别是广州、武汉失陷后，日军大本营对中国的大后方城市实施战略轰炸，按当时的行政区划，一共有23个省份遭受空袭，其中重庆是日军战略轰炸的主要目标。据不完全统计，从1937年7月起至1943年7月，中国因日军空袭而死亡的人数为335934人，受伤者为426249人，合计伤亡总数为762183人。日本对中国城乡的无差别轰炸，遭到了国际舆论的强烈谴责。时任美国副国务卿威尔斯发表谈话，强烈抗议日军对重庆、广州等城市的轰炸。他说：“交战一方用飞机轰炸对方不设防城市，以致无辜平民尤其是妇孺惨遭杀害，这完全是一种野蛮举动。”英国《伦敦新闻纪事报》在1938年6月8日的社论中指出：“这种野蛮的屠杀完全是赤裸裸的恐怖主义。”

《中国抗日战争史简明读本》编写组：侵华日军在中国各地设立大量“慰安所”，强迫中国和朝鲜等国妇女充当日军的性奴隶，形成了丑陋的“慰安妇”制度，是有组织的战争犯罪。日军获取“慰安妇”的主要方式是强掠，另外就是通过当地伪政权强行向各户摊派或者进行骗征。日军在各地还以招募女工、洗衣妇、招待员、护士为名，把妇女诱骗去充当性奴隶。战场上被俘的中国女军人，也有许多被日军押送到偏远前线充当性奴隶，也被称为“巡回慰安妇”，她们惨遭蹂躏且多数被杀害。可以说，中国妇女是日军性暴行和“慰安妇”制度的最大受害者。据不完全统计，日军从中国强征的性奴隶人数在20万以上，从朝鲜强征的性奴隶人数在16万左右，也有来自其他国家的少数妇女。

《中国抗日战争史简明读本》编写组：日本在侵华战争期间，无视国际战争法规，公然以轰炸、纵火、劫掠等暴虐手段，肆意摧残和毁灭中国文化，掠夺文物与典籍，给中国文化造成难以挽回的巨大损失。其中，各类学校遭受严重破坏，如南开大学被炸成废墟。图书典籍蒙受巨大损失，战前中国图书馆计有1848所，因遭日军侵略摧残，1943年统计时仅为940所。日本还对中国各地墓葬、遗址进行劫掠式考古调查与发掘，然后将珍贵文物劫掠回国。因轰炸、焚烧，中国古建筑遭受空前劫难，1938年8月，有1200余年历史的北平云居寺，也因日机轰炸而夷为平地。1946年，国民政府教育部编制的《中国战时文物损失数量及估价总目》，收录了17个省（东北除外）的图书、文物、字画、碑帖、古迹、古建筑等损失，计360余万件又1870箱，古迹741处。